Körperscanner ('Nacktscanner') gehören inzwischen zur Standardausrüstung an immer mehr von der Bundespolizei betriebenen deutschen Flughäfen. Kritisiert wurde insbesondere, dass frühe Scannerbilder scharf genug waren, um nicht nur Genitalien, sondern auch Prothesen, Piercings und künstliche Stomata sichtbar zu machen. Erste Scannergenerationen nutzten Röntgenstrahlung, was gesundheitliche Bedenken bei Vielfliegern und Flughafenpersonal auslöste; die meisten Flughäfen sind inzwischen auf nicht-ionisierende Millimeterwellen-Scanner umgestiegen. Nach der EU-Verordnung 2015/1998 ist die Nutzung von Körperscannern offiziell freiwillig; wer den Scanner ablehnt, kann stattdessen eine manuelle Abtastkontrolle wählen. Die erzeugten Bilder werden laut Betreiberangaben nicht gespeichert, sondern nach der Prüfung gelöscht; in den USA wurde dagegen bekannt, dass Aufnahmen an manchen Standorten gespeichert und archiviert wurden.
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Ob deutsche Körperscanner-Standorte die Nicht-Speicherung tatsächlich lückenlos einhalten, ist aus dieser Quelle nicht unabhängig überprüft, sondern beruht auf Betreiberangaben; der US-Präzedenzfall zeigt, dass eine solche Zusicherung nicht zwingend verlässlich ist.